◆ 1-微生物取樣：由于許多微生物在瓊脂平板上可重復(fù)生長(zhǎng)，因此第一步是找到正確的培養(yǎng)條件。采用在瓊脂平板上培養(yǎng)細(xì)胞這一簡(jiǎn)單而常見(jiàn)的技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)便捷的樣品制備。例如，細(xì)菌先在瓊脂平板上不同細(xì)胞密度的象限中培養(yǎng)16-24小時(shí)，可獲得非?？煽康慕Y(jié)果。僅從第三象限采集菌落。研究發(fā)現(xiàn)，該方法成功的關(guān)鍵在于收集條件的標(biāo)準(zhǔn)化以及瓊脂平板上細(xì)菌生長(zhǎng)的一致性。也可以進(jìn)行一些改進(jìn)，(如改用液體培養(yǎng)基、或改變培養(yǎng)時(shí)間/溫度)。但須確保所有測(cè)量均在相同條件下進(jìn)行，以獲得可靠結(jié)果。

◆ 2-細(xì)菌測(cè)量技術(shù)：用于微生物鑒定的技術(shù)需要簡(jiǎn)單且具有很高的可重復(fù)性。當(dāng)微生物溶液緩慢干燥時(shí)，微生物細(xì)胞會(huì)產(chǎn)生固體生物膜。通過(guò)優(yōu)化這一過(guò)程，得到了一種易于操作的樣品制備程序，并且滿(mǎn)足紅外測(cè)量所需的可重復(fù)性。紅外光穿透生物膜，被細(xì)胞中存在的不同分子部分吸收，產(chǎn)生每種被測(cè)菌株特有的化學(xué)指紋。

對(duì)于FT-IR微生物鑒定，我們最關(guān)心的問(wèn)題是結(jié)果的準(zhǔn)確度，其關(guān)鍵取決于參考譜庫(kù)的質(zhì)量。微生物的譜庫(kù)不同于一般的譜庫(kù)，為了保證結(jié)果的可靠性，需要在標(biāo)準(zhǔn)化的條件下建立系統(tǒng)化的譜庫(kù)。

首先，需要確保微生物的可重復(fù)培養(yǎng)。培養(yǎng)基，培養(yǎng)條件(如時(shí)間，溫度)和樣品預(yù)處理對(duì)紅外光譜都有影響，因此這些條件需要制作標(biāo)準(zhǔn)化操作規(guī)程。

其次，樣品預(yù)處理過(guò)程中的非同源性和變異性(如樣品量、菌膜的干燥程度等)以及測(cè)量因素(如樣品呈顆粒引起的光散射等)都會(huì)影響紅外光譜圖。 因此需要對(duì)同一樣品進(jìn)行多次測(cè)量，以確保紅外光譜圖的重現(xiàn)性。

第三，進(jìn)行紅外鑒定的未知樣品的可信度是建立在參考光譜的譜庫(kù)可信度的基礎(chǔ)之上。因此參考菌株必須使用可靠的方法鑒定。否則，譜庫(kù)中的不正確信息會(huì)導(dǎo)致最終鑒定結(jié)果的偏差。將多個(gè)顯著的光譜區(qū)域組合起來(lái)，可構(gòu)建已知細(xì)菌菌株的數(shù)據(jù)庫(kù)。為了對(duì)未知細(xì)菌進(jìn)行分類(lèi)和鑒定，將光譜信息與已知細(xì)菌的參考數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比較，顯示光譜模式與未知菌株匹配的微生物。不同微生物光譜的相似度也可以用樹(shù)狀圖的形式進(jìn)行圖形化描述。